17 января 1562 года во Франции был издан Сен-Жерменский эдикт короля Карла IX (предпоследний из династии Валуа). Данный указ впервые разрешал гугенотам совершать свои молитвы, а также регламентировал правовое положение религиозного меньшинства во Франции, заложив в стране основы веротерпимости.
Вторая треть XVI века во Франции была отмечена усилением репрессий против гугенотов. Начавшись после знаменитого «дела о листовках», они достигли апогея в конце правления Генриха II (1547 — 1559) и во время царствования его старшего сына Франциска II (1559 — 1560), родным дядей жены которого (Марии Стюарт) был глава ультракатолической партии Франсуа де Гиз. Изданный его стараниями Экуанский эдикт (2 июня 1559) фактически поставил протестантов во Франции вне закона; для их преследования при каждом из французских парламентов была учреждена «огненная палата» (фр. chambre ardente).
Однако со смертью Франциска II политика правящих кругов Франции изменилась. Фактическая власть перешла к матери нового малолетнего короля Карла IX, Екатерине Медичи. Королева вовсе не являлась религиозной фанатичкой и решила установить мир в стране, в чем ее активно поддерживал канцлер Мишель де л’Опиталь, гуманист, получивший разностороннее образование в Италии. Екатерина и л’Опиталь стремились достичь внутриполитической стабильности путём примирения враждующих партий — гугенотов и католиков.
Первым шагом в этом направлении явился эдикт от 30 июля 1561 года, который отменил действие Экуанского эдикта. Он отменил смертную казнь за религиозные преступления, а также провозгласил амнистию за «прошлые заблуждения или подстрекательство к религиозному бунту».
Для обсуждения следующего эдикта королева-мать созвала совет «главных и самых именитых правителей и советников суверенных дворов», который заседал совместно с Королевским советом в городе Сен-Жермен с 7 по 15 января 1562 года. В итоге были приняты основные положения нового документа: гугенотам разрешили проводить свои богослужения вне городских стен и не в дни католических праздников; кроме того, они могли собираться в частных домах.
Взамен адептам новой веры предписывалось оставить захваченные храмы и дать присягу в соблюдении эдикта представителям королевской администрации. Таким образом, впервые в истории Франции протестанты получили свободу отправления религиозного культа, пусть и сильно урезанную.
О принятии Сен-Жерменского эдикта было объявлено 17 января 1562 года. Однако Парижский парламент, бывший оплотом католицизма, отказался его зарегистрировать.
Эдикт, хотя и вступил в силу, произвёл действие, обратное ожидаемому: уже 1 марта 1562 года герцог де Гиз, проезжая через местечко Васси, обнаружил там гугенотов, собравшихся на молитву. Герцог приказал своей вооружённой свите напасть на них. Резня в Васси стала отправной точкой первой религиозной войны, продлившейся больше года. Амбуазский мир, который был заключён по её окончанию, подтвердил главные положения Сен-Жерменского эдикта.
Сен-Жерменский эдикт действовал (с перерывами) вплоть до конца XVI века. В 1585 году Немурский трактат Генриха III, принятый в угоду Католической лиге, отменил его действие и сильно ограничил права гугенотов. И только Нантский эдикт Генриха IV, принятый в 1598 году, даровал протестантам равноправие с католиками.