Зелимхан Хангошвили с 2008 года разыскивался МВД Ингушетии как подозреваемый в причастности к терактам на территории Ингушетии. По данным Центра по противодействию экстремизму (ЦПЭ) МВД Ингушетии, теракты устраивались по приказу Шамиля Басаева. Хангошвили выполнял поручения Басаева в Ингушетии, постоянно находясь в Грузии, в Панкисском ущелье. Хангошвили осуществлял подготовку террористов-смертников, был ответственным за обеспечение финансирования от зарубежных террористических организаций.
Террористы, которых готовил Хангошвили, планировали в Ингушетии серию атак на госслужащих, сотрудников силовых структур и членов их семей. В частности, в мае и августе 2003 года Хангошвили принимал участие в нападении на автоколонну военных, в результате чего погибли 15 человек. В июне 2004 года он организовал нападение на госслужащих Ингушетии, в результате чего погибли 98 человек, 194 человека получили ранения.
В августе 2012 года Зелимхан Хангошвили оказался ключевым фигурантом последней крупной вооруженной провокации Михаила Саакашвили в качестве президента Грузии. В августе 2012 года, за два месяца до парламентских выборов в Грузии, под предлогом вторжения в Грузию дагестанских боевиков — «диверсантов ФСБ», Саакашвили ввел в Панкиси, в ущелье Лопота, спецназ МВД. Были захвачены в заложники 30 местных жителей, убиты 11 человек, которых МВД Грузии выдало за «диверсантов ФСБ». Пятеро из них оказались проживавшими в Панкиси джихадистами из Чечни и Ингушетии. Аслан Маргошвили и Багаудин Кавтарашвили, по национальности чеченцы-кистинцы — боевиками местного ваххабитского подполья, гражданами Грузии. МВД Грузии тогда захватило живьем террориста Ахмеда Чатаева — впоследствии организатора теракта в аэропорту Стамбула. Чатаев был полностью оправдан грузинским судом в 2013 году. В ходе суда над Чатаевым свидетели указывали: Зелимхан Хангошвили был в Панкиси ваххабитским авторитетом в ранге шариатского судьи. Во время провокации в Лопоте Хангошвили, как указали свидетели, участвовал в переговорах Чатаева с представителями грузинских властей.
Как ранее указывало EADaily , депутат парламента Грузии Ираклий Сесиашвили в эфире грузинского «Первого канала» признавался: в президентство Саакашвили террорист запрещенного в России «Имарата Кавказ» Ахмед Чатаев был агентом спецслужб Грузии. Признание Сесиашвили может служить косвенной уликой того, что Зелимхан Хангошвили также мог работать на спецслужбы Грузии.
В 2015 году на проживавшего в Грузии Хангошвили было совершено покушение. После этого его семья эмигрировала на Украину, в Одесскую область.
«Примерно в то же время Саакашвили стал губернатором Одесской области. На похороны Хангошвили приезжала жена Саакашвили Сандра Рулофс», — говорится в репортаже русскоязычного германского телеканала OstWest.
По информации телеканала, несколько родственников Хангошвили, включая его сестру Зейнаб, имеют российское гражданство. В интервью OstWest Зейнаб Хангошвили рассказала, что когда в Чечне был режим «Ичкерии», она с родными жила там. После начала в 1999 году второй военной кампании Зейнаб с родными выехала сначала в Саратов, потом в Ставрополь, а затем в Волгоград. Зейнаб Хангошвили также рассказала: после убийства Зелимхана Хангошвили в Панкисском ущелье между чеченцами-кистинцами началась междоусобная война.