1 ноября 1894 года, через полтора часа после кончины императора Александра III, в Ливадийской Крестовоздвиженской церкви на верность российскому престолу присягнул новый император — Николай II. На следующий день был обнародован Высочайший манифест о вступлении на престол нового царя и началось принесение присяги сановниками, чиновниками, придворными и в войсках.
Пока подданые приносили присягу новому самодержцу, в той же Ливадийской церкви состоялась панихида по покойному императору, которое совпало с обращением в православие невесты Николая — лютеранки принцессы Алисы. Из-за траурных мероприятий бракосочетание высочайшей четы было отложено и произошло лишь 26 ноября 1894 года в Большой церкви Зимнего дворца. Свой медовый месяц молодые провели в атмосфере панихид и траурных визитов.
Одними из первых кадровых решений императора Николая II были увольнение в декабре 1894 года конфликтного И. В. Гурко с поста генерал-губернатора Царства Польского и назначение в феврале 1895 года на пост министра иностранных дел А.Б. Лобанова-Ростовского.
Первым заметным внешнеполитическим шагом нового царя явилась Тройственная интервенция — 23 апреля 1895 года (по инициативе русского МИД) Россия вместе с Германией и Францией потребовали от Японии пересмотреть условия Симоносекского мирного договора с Китаем и отказаться от притязаний на Ляодунский полуостров.
Первым публичным выступлением императора в Петербурге стала его речь, произнесённая 29 января 1895 года в Николаевском зале Зимнего дворца пред депутациями дворянства, земств и городов, прибывших «для выражения их величествам верноподданнических чувств и принесения поздравления с бракосочетанием».
Коронация императора и его супруги состоялась 26 мая 1896 года. Плохая организация праздничных мероприятий (которыми руководил дядя царя великий князь Сергей Александрович) привела к Ходынской катастрофе — в чудовищной давке (по официальным данным) погибло 1379 человек, ещё несколько сот получили увечья. Трагедия оставила крайне тяжелое впечатление в обществе. В том же году проходила Всероссийская промышленная и художественная выставка в Нижнем Новгороде, которую Николай II посетил.