В воскресенье 6 апреля 1903 года в Кишиневе начался кровавый двухдневный еврейский погром, результатом которого стали многочисленные жертвы среди населения и разрушение города на треть.
За два месяца до погрома в небольшом городке Дубоссары исчез, а потом был найден убитым четырнадцатилетний подросток Михаил Рыбаченко. Единственная ежедневная кишинёвская газета «Бессарабец», возглавляемая известным антисемитом П. А. Крушеваном, стала обсуждать возможную ритуальную подоплеку этого убийства и занялась перепечаткой циркулирующих среди населения Дубоссар слухов, поддерживающих эту версию. В частности, сообщалось, что труп был найден с зашитыми глазами, ушами и ртом, надрезами на венах и следами верёвок на руках. Выдвигалось предположение, что подросток был похищен и обескровлен евреями с целью использования его крови в каком-то ритуале. В одной из статей писалось, что один из убийц-евреев был уже пойман и рассказал о деталях преступления.
Статьи вызвали волнения среди жителей города и усилили существовавшие предрассудки и суеверия против евреев. Появились опасения, что подобное убийство может произойти и в Кишиневе. По требованию следователя, установившего к тому времени отсутствие ритуального характера убийства (настоящие убийцы — мальчика убил его дядя из-за наследства — были найдены позднее), в «Бессарабце» было опубликовано официальное опровержение напечатанных ранее домыслов. Приводились результаты вскрытия, показавшего, что подросток погиб от множественных колотых ран, а не от кровопотери, отсутствие надрезов, швов на глазах и т. п. Опровержение помогло прояснить обстановку, но не успокоило волнения — многие горожане сочли его попыткой скрыть преступление под давлением евреев.
Тем временем в городе прошёл слух, что царь лично издал секретный указ, разрешающий грабить и избивать евреев в течение трёх дней после Пасхи.
За неделю до праздника в общественных местах города появились листовки, которые повторяли напечатанную ранее в «Бессарабце» антисемитскую клевету и призывали добропорядочных христиан к действиям против евреев.
В воскресенье днём 6 апреля 1903 года из толпы, собравшейся на площади, полетели первые камни в прилегающие еврейские дома, началось разорение лавок и магазинов, но к вечеру всё затихло и ночь прошла спокойно. Полиция арестовала 60 человек. На улицы вывели воинские патрули из гарнизона, но никаких приказов солдаты не получили. Бессарабский губернатор фон Раабен и прочие высшие должностные лица своим бездействием фактически поощрили продолжение погрома.
На следующий день 7 апреля в Кишинёве разгорелся кровавый погром, сопровождаемый грабежами, поджогами и убийствами. Весть о начале беспорядков в городе быстро достигла предместий. Бездействие полиции и властей местные жители восприняли как негласное разрешение на расправу с соседями-евреями.
Евреи, почувствовав растерянность власти, решили прибегнуть к самозащите, однако это только подлило масло в огонь. По отчёту царского прокурора Горемыкина, расследовавшего погром, сопротивление евреев и защита ими своей собственности привели к разгулу дикой вакханалии. Вот выдержки из его отчета: «В разных частях города многочисленные партии, человек в 15−20 христиан каждая, почти исключительно чернорабочих, имея впереди себя мальчиков, бросавших в окна камни и кричавших, начали сплошь громить еврейские лавки, дома и жилища, разбивая и уничтожая находящееся там имущество. Группы эти пополнялись гуляющим народом… имущество подвергалось немедленно полному уничтожению… в еврейских молитвенных домах произведено было полное разрушение, а священные их свитки выбрасывались на улицу в изорванном виде. …часть вина [из винных лавок] выпускалась на улицу, часть же на месте распивалась бесчинствующими».
Ко второй половине дня 7 апреля власти, видя полное безумие, целиком охватившее город, наконец-то вышли из паралича. В три часа дня губернатор Раабен передал командование начальнику гарнизона генералу Бекману «с правом употребления оружия». Солдатам гарнизона были розданы патроны, войска произвели массовые аресты погромщиков.
В пять часов того же дня стало известно, что «приказ», которого с такой надеждой евреи ждали с первого дня, наконец получен. Понадобилось не более двух часов, чтобы навести в городе порядок и восстановить спокойствие. Для этого не понадобилось ни кровопролития, ни выстрела. Нужна была только определённость и политическая воля.
В ходе погрома, если верить тому же прокурору Горемыкину, было убито 42 человека, из них 38 евреев. Раненых и искалеченных оказалось всего 456, из коих 394 — евреи, причем отдельно указывается на тот факт, что ни у кого из них не найдено следов истязаний. Домов же было разгромлено общим числом 1350, что составляло примерно треть от всех городских построек. Однако ряд современных исследователей считают отчет прокурора недостоверным и обвиняют его в намеренном приуменьшении количества жертв. А также в попытке скрыть факт организации погрома и соучастие в этом властей.